Η φυτοθεραπεία ως επιστήμη έχει πολύ μακρινή προέλευση. Είναι από τους παλαιότερους ιατρικούς και φαρμακευτικούς κλάδους. Οι πρώτες ενδείξεις για τη χρήση των φυτών ως φαρμάκων βρίσκονται στην πραγματικότητα στους Αιγύπτιους, Εβραίους και Φοίνικες γύρω στο 3000-2000 π.Χ. και στους ασιατικούς λαούς (ιδιαίτερα τις στάχτες) 8000-4000 χρόνια πριν από την έλευση του Χριστού. Αργότερα η γνώση των φαρμακευτικών φυτών διαδόθηκε στους Έλληνες και στη συνέχεια στον αρχαίο δυτικό κόσμο.